Interakcja antybiotyków z innymi lekami może występować zarówno w fazie farmakokinetycznej, a więc zmiaTry w zakresie wchłaniania, wiązania z białkami, biotransformacji i wydalania, jak i w fazie farmakody-namicznej, polegającej na oddziaływaniu leków na te same receptory (synergizm i antagonizm). W praktyce często wzajemne oddziaływanie leków dotyczy obu faz. Wiele z tych interakcji ma duże znaczenie lecznicze, nie zawsze w pozytywnym znaczeniu; np. antybiotyki aminoglikozydowe hamują przewodnictwo nerwowomieśniowe i tym samym potęgują działanie środków zwiotczających, np. sukcynylocholiny, stosowanych do znieczulenia ogólnego. Antybiotyki te również potęgują działanie ototoksyczne silnie działających, leków moczopędnych, np. kwasu etakrynowego, furosemidu i bumetanidu. Antybiotyki z grupy tetracyklin, szczególnie tetracykliny naturalne, ulegają chelatacji, jeżeli są stosowane jednocześnie z lekami zawierającymi jony żelazowe, glinowe, wapniowe i magnezowe. Wchłanianie ich z przewodu pokarmowego znacznie się zmniejsza, tak, że nie osiągają nawet minimalnego stężenia hamującego (MIC) we krwi.